DNR žymeniu, sukurtas virškinimą genomo DNR su dviejų apribojimų fermentų sukurti daug DNR fragmentai, ligatūrą specifinių sekų DNR (vadinamas adapteriai) iki pat šie fragmentai, stiprinimui, fragmentai per PGR (naudojant pradmenų rinkinys su sekas atitinkantį adapterių, pridėjus įvairius atsitiktinių derinius trijų papildomų bazių pabaigoje) tipas, ir vizualizacijos fragmentų per gelyje. The PGR blogės bet fragmentas kurio seka atsitiks pradėti su bet kuriuo iš trijų-base sekas rinkinyje, gruntai. AFLPs turi tą svarbų pranašumą, kad daugelis žymekliai gali būti sukurtas su santykinai mažai pastangų. Yra labai naudinga priemonė vertinant pagal genetinės įvairovės ir tarp gyventojų. Jų pagrindinis trūkumas tas, kad jos nėra susijusios su ypač lokusas ir, nes jie įmetė kaip ar juostos, heterozygotes negalima atskirti nuo homozygotes, t. y., jie yra paveldimi dominuojanti mados.