Liga, kurioje imuninę sistemą, natūraliai skirtas apsaugoti organizmą nuo užsienio agresoriaus pavyzdžiui, virusų ir bakterijų, o ne paverčia prieš ir padaroma žala organizmo sveikų audinių. Imuninė sistema yra sudėtinga organizacija, kaip institucija, kuri yra skirtos paprastai "ieškoti ir sunaikinti" okupantų įstaigos, įskaitant infekcinių agentų. Pacientams su autoimuninių ligų dažnai turi neįprastą antikūnai cirkuliuoja kraujyje, kad tikslinės savo kūno audinių.

Autoimuninių ligų pavyzdžiai Sisteminė raudonoji vilkligė, Sjögreno sindromas, Hashimoto tiroiditas, Reumatoidinis artritas, nepilnamečių (1 tipo) diabetas, polimiozitas, sklerodermija, Adisono ligos, vitiligo, žalingi anemija, glomerulonefritas, ir plaučių fibrozė.

Autoimuninių ligų yra dažniau moterims nei vyrams. Manoma, kad patelės estrogenų gali paveikti imuninę sistemą kai kurios moterys sąlygoti autoimuninės ligos. . Be to, apie viena autoimuninė liga padidina tikimybę už kitas tuo pačiu metu autoimuninių ligų.