"Higienos hipotezė," kartais vadinama „senų draugų hipotezė", yra, kad žmonėms kinta su tam tikrų žarnyno bakterijų ir kirminų, kurių buvimas gali"traukinio"imuninei sistemai ne per stipriai nekenksmingas commensal organizmams. Kaip žmonių tapo labiau klestintį ir yra pirmaujanti "sveikiau", šių organizmų buvo prarastas iš žarnos ir imuninės sistemos praranda savo gamtos balansą. Tai prognozuoja žymiai padidinti imuninės ligų, alergines ir autoimuninius, kas iš tikrųjų buvo pastebėta išsivysčiusiame pasaulyje per pastaruosius kelis dešimtmečius.